Међународна невладина организација „Justice for All International” поднела је извештај Савету Уједињених нација за људска права у којем упозорава на озбиљну репресију коју Естонска православна црква трпи од стране државних органа. У оквиру Општег периодичног прегледа, ова организација са седиштем у Женеви указала је на ризик од уклањања црквеног руководства и претњу потпуним распуштањем ове верске заједнице. Естонске власти ове мере оправдавају разлозима националне безбедности, док невладин сектор апелује на међународну заједницу да испита кршење верских слобода пре предстојећег прегледа стања људских права у Естонији заказаног за мај 2026. године.
Посебну забринутост изазивају измене Закона о црквама и конгрегацијама из 2025. године, које забрањују одржавање „духовних веза” са страним верским ауторитетима које држава прогласи претњом по безбедност. Овај законски оквир омогућава брисање верских заједница из регистра без судског поступка и искључивање свештенства на основу нетранспарентних критеријума. Организација „Justice for All International” позвала је Естонију да хитно повуче или суштински измени ове прописе како би се вратила аутономија цркви и заштитило право на неометано деловање у оквиру црквене јерархије.
Актуелна тензија додатно је заоштрена објављивањем годишњака Естонске унутрашње безбедносне службе у априлу 2026. године, у којем је Естонска православна црква уврштена у поглавље о претњама уставном поретку. Црква је на ово реаговала званичним саопштењем, изражавајући дубоку забринутост због овакве категоризације у тренутку када се спорне законске измене још увек налазе пред Врховним судом ради оцене уставности. Према ставу црквених власти, овакво јавно етикетирање представља тенденциозан покушај утицаја на јавно мњење док судски процес још увек траје и док председник државе није потписао наведене законе.
Црква је изричито демантовала тврдње из безбедносног извештаја према којима су њене активности координисане од стране Московске патријаршије у име патријарха Кирила. У свом одговору, естонски свештенослужитељи наглашавају да су њихове административне одлуке, унутрашњи живот и пастирски рад потпуно независни и да се спроводе без икаквог спољног усмеравања из Русије. Ова одбрана аутономије кључна је за опстанак цркве која се нашла под притиском да прекине канонске везе које власти тумаче као политички инструмент, упркос тврдњама верске заједнице о искључиво духовној природи тих односа.
Од самог почетка сукоба у Украјини, Естонска православна црква је јавно осудила рат и истакла да се у свим њеним парохијама непрестано узносе молитве за мир и што бржи прекид непријатељстава. Понављајући своју спремност за отворен и конструктиван дијалог са свим државним органима, Црква позива на сарадњу уместо репресије. Наглашавајући хришћанске вредности и лојалност држави у којој делују, представници цркве траже да се питања вере не решавају кроз безбедносне службе, већ кроз поштовање верских слобода и правног поретка.
